淋菌性直肠炎的诊断并不十分困难，根据其临床症状、病史和必要的检查即可作出正确的诊断。首先，患者几乎都有不洁性接触史和外生殖器官病变。其次，临床主要症状是直肠肛门的烧灼痛，肛门下坠，黏液脓血便，里急后重等；做直肠指诊可有灼热感，肛内有压痛；肛门镜或直肠镜检查可见直肠黏膜对血、水肿、有黄白色分泌物。第三，实验室检查，肛门分泌物培养出淋球菌。在此注意，实验室检查结果是作出诊断的最重要时依据。
